《明神亚贵》是一部以日本神道文化与现代校园为背景的奇幻恋爱漫画，讲述了普通女高中生绫濑千早，偶然解开了学校后山古老神社中的封印，释放出了一位自称“明神亚贵”的俊美青年。他其实是掌管这片土地的神明，因被封印而失去了大部分神力和记忆。作为解封的代价，千早被亚贵单方面宣布为他的“契约巫女”，从此被迫卷入了解决各种由妖怪、怨灵引发的灵异事件中。在与这位不谙世事、时而霸道时而天然的神明大人共度的日常里，千早的生活变得鸡飞狗跳，两人之间的羁绊也日渐加深。
亚贵终于取回了所有记忆和完整的神力，他必须回到高天原履行神职。在神社的樱花树下，他告诉千早，他会斩断一切阻碍，只为能再次回到人间见她。千早含着泪说：“我等你，无论多久。”
真正的幕后黑手“黑神”现身，企图吞噬亚贵的神格以取代他。千早被挟持，成为威胁亚贵的人质。亚贵为了保护千早，不惜主动献出自己的神力，陷入了濒临消散的绝境。
在一次激烈的战斗中，亚贵为保护千早身受重伤，神格不稳导致他暂时失去了所有与千早相关的记忆。看着眼前陌生的“神明大人”，千早心痛欲绝，但她依然不离不弃，每天为他讲述两人共度的故事。
亚贵和千早一起参加了学校的夏日祭典。亚贵对于人类的章鱼烧、捞金鱼等娱乐表现出了极大的兴趣，玩得不亦乐乎。在最后观看烟火时，亚贵第一次笨拙地表达了对千早的感谢：“能遇见你，似乎也不错。”
学校一位与千早关系很好的老师，被强大的怨灵附身。亚贵在驱魔时发现，这怨灵竟与他当年被封印的原因有关。他第一次在千早面前流露出了沉重的悲伤和自责。
千早为了捡拾掉落的护身符，误入后山被藤蔓覆盖的破败神社，不小心碰倒了祭坛上的一个古老铜镜。随着一阵强光，一位身穿白色狩衣、黑发金瞳的俊美青年出现在她面前，慵懒地打了个哈欠说：“就是你叫醒我的吗？”